Там все просто, у студии не хватило денег на последние две серии и поэтому они вышли такими. Потом-то, когда деньги появились, Хидэаки доснял ЕоЕ и это то как по идее должна была закончится оригинальная Ева, а стало просто альтернативной концовкой. Есть еще пример Karekano, когда деньги закончились вообще на 18-й и концовку доснимали вообще другие режиссеры.